摘要翻译作为中心法则的核心过程对基因表达和生物表型的决定至关重要。高通量RNA测序、核糖体图谱测序Ribo-seq和核糖体-新生链复合物测序RNC-seq技术已实现翻译效率动态的大规模检测然而目前在多样生物学背景下针对基因和转录本水平的翻译效率TE、翻译起始效率翻译比率TR、翻译延伸速度延伸速率指数EVI的系统定量与整合研究仍十分有限而上述指标的背景特异性调控以及相关的非翻译区UTR特征在发育、稳态维持和疾病进程中发挥着关键作用。为填补这一空白构建了TEDD数据库这是个聚焦翻译调控相关5/3 UTR特征、用于解析人类TE、TR和EVI的综合数据库。TEDD整合了来自143个人类项目279个数据集的1,518例RNA-seq、Ribo-seq和RNC-seq样本覆盖24种组织/细胞类型、74种细胞系和52种生物学条件。数据库在基因和转录本双水平计算了核心翻译指标并配套了详细的UTR注释支持翻译调控的精细化研究。TEDD提供了友好的浏览、检索和下载功能搭建了一体化在线平台可实现基因、转录本、KEGG/GO定义的基因集、UTR元件之间的多维度翻译指标比较为翻译调控研究提供了宝贵资源同时为mRNA疫苗设计、合成生物学、基因治疗和酶工程等转化应用提供支撑。https://ngdc.cncb.ac.cn/teddchenfeibig.ac.cnxiaojingfabig.ac.cn#TEDD数据库 #翻译效率 #翻译组学 #核糖体图谱测序 #新生链复合物测序 #翻译调控 #非翻译区 #翻译起始 #翻译延伸数据收集、处理与整合数据收集表1TEDD数据库中所有生物学背景的数据集与样本数量统计数据库内容与使用TEDD数据集概览与补充统计图1TEDD数据库的数据收集、处理、整合流程上及大功能模块下总览RNA-seq、Ribo-seq和RNC-seq数据主要收集自大公共数据资源基于数据处理结果TEDD整合了UTR注释与通路功能信息进一步绘制了TE/TR/EVI的全基因组/转录组分布为支持数据可视化与探索开发了用户友好的网页界面支持用户对目标元数据和分析结果进行浏览、检索、分析与下载。基因页面图2TEDD数据库浏览界面与数据查询功能展示(A) 所有收录数据集的总览表格(B) 展示每个数据集内TE/TR/EVI转录组水平分布的扩展页面(C) 所有收录样本的汇总表格(D) 选定生物学背景下目标基因的详细信息表格(E) 展示目标基因翻译转录本的扩展页面(F) 展示选定基因详细元数据的弹窗(G) 展示选定转录本完整UTR注释的弹窗(H) 用于查询特定数据集、样本或基因的大高级检索通道。基因跨KEGG通路/GO术语的TE/TR/EVI分析图3TEDD数据库大在线分析工具的应用案例(A) 「分析」页面整合的大分析模块总览(B) 热图展示COX7C、TPT1和H3C10基因从上至下在选定生物学条件下的TE值可视化时从每个疾病分类中选取个代表性条件(C) 热图展示PRAME基因在多生物学条件下的TE值包括消化系统癌症成人肝细胞癌、结肠癌、肝细胞癌、血液系统癌症慢性髓系白血病、肌肉骨骼系统癌症骨肉瘤和神经系统癌症神经母细胞瘤(D) 箱线图展示ENST00000455089转录本在种癌症类型成人肝细胞癌、结肠腺癌、乳腺腺癌、肺腺癌、肾细胞癌、前列腺癌中的TE值(E) 柱状图展示PI3K-Akt信号通路基因集AKT1、AKT2、CDC37、HSP90AA1、HSP90AB1、MDM2、PDPK1、PIK3CA、PIK3CB、TP53在该通路中的TE值同步展示了对应的通路示意图。详细总结思维导图TEDD数据库核心数据统计大核心翻译动态指标定义与计算公式参考Nucleic Acids Res. 2026 Jan 6;54(D1):D511-D521. doi: 10.1093/nar/gkaf1125.TEDD: a comprehensive database for translation efficiency dynamics260106TEDD.pdf注AI辅助创作如有错误欢迎指出。内容仅供参考不构成任何建议。