作物模型系列:R语言与作物模型(以DSSAT模型为例)融合应用高级实战技术应用
查看原文https://mp.weixin.qq.com/s/4X_-wgT_uenRJlmleqNRFA前言随着基于过程的作物生长模型Process-based Crop Growth Simulation Model的发展R语言在作物生长模型和数据分析、挖掘和可视化中发挥着越来越重要的作用。想要成为一名优秀的作物模型使用者与科研团队不可或缺的人才除了掌握对作物模型相关知识之外还要掌握模型的快速模拟和高效数据分析能力。Decision Support Systems for Agrotechnology Transfer (简称DSSAT)模型是世界知名的作物生长模拟模型之一。现有版本V4.7能模拟27种主要农作物的生长发育和产量形成过程被广泛应用于精细农业、水肥管理、气候变化、粮食安全、土碳循环、环境影响、农业可持续性、农业生态等诸多与农业生产和科研有关的领域。R语言在DSSAT模型的气候、土壤、管理措施等数据准备自动化模拟和结果分析上都发挥着重要的作用。内容简述专题一、DSSAT模型的高级应用1.作物模型的概念2.DSSAT模型发展现状3.DSSAT与R语言的安装与介绍4.DSSAT模型的高级应用案例5.R语言在作物模型参数优化中的应用6.R语言在作物模型全球栅格模拟中的应用7.R语言在作物模型结果分析和数据可视化中的应用专题二、R语言与数据科学1 R语言与数据科学1)R语言发展脉络2)R语言数据操作技巧3)R语言在作物模型中的应用2 R语言编程技巧数据操作1)R与工作目录2)R的数据类型及结构3)R中各数据类型的赋值与操作4各种数据格式的读写及操作专题三、DSSAT模型高级应用技巧1 DSSAT模型操作1)DSSAT的安装2)DSSAT模型操作界面讲解2 DSSAT模型源码操作与编译1DSSAT模型源码安装2DSSAT源码的介绍与修改3DSSAT源码的编译专题四、R语言准备DSSAT气象文件1 DSSAT自带的气象数据的准备2 R语言操作和准备气象文件1DSSAT气象文件的介绍2日照转辐射算法的编写3DSSAT气象文件的编写专题五、R语言准备DSSAT土壤文件1 DSSAT模型的土壤模块及土壤输入参数2 DSSAT模型土壤水分-氮素-有机碳模块的主要算法3 DSSAT模型土壤参数在数据缺失情况下的近似估算4 使用R语言操作和准备土壤输入文件5 DSSAT模型全球土壤数据库的使用专题六、R语言准备DSSAT管理文件1 DSSAT模型的农田管理措施播期、密度、施肥、灌溉、有机肥、秸秆还田等的介绍2 使用R语言进行管理文件批量准备只需要填写excel就能批量模拟专题七、R语言准备DSSAT参数文件及批量模拟文件1 DSSAT模型的主要遗传参数包括物种参数、生态型参数、品种参数2 主要的参数优化方法3 使用R语言进行参数文件准备4 使用R语言对批量模拟文件的编写专题八、R语言对模拟结果进行数据清洗和整理1 使用R语言读取DSSAT文件的模拟结果2 对模拟结果进行数据清洗、分类和整理专题九、R语言对模拟结果进行数据分析及绘图1 使用R语言对模拟结果进行分析2 使用R语言计算模拟结果的MSE、RMSE、MAE、d-value、EF值3 使用R语言对模拟结果进行可视化模拟结果的动态图和11图等