目录Linux系统简介1、生信领域为什么要选Linux2、Linux系统的版本UbuntuCentOS3、系统安装在Windows中安装作为主系统安装4、认识Linux的终端界面WindowsLinux5、Linux路径问题6、Linux常用命令7、Linux常用快捷键8、ranger目录预览工具Conda简介1、Conda的作用2、Conda安装3、conda添加国内源4、conda常用命令5、conda软件包资源站6、Conda应用实例Linux系统简介1、生信领域为什么要选LinuxLinux是一个自由开源的操作系统具有非常全面的命令行支持。大多数的生信分析软件在linux系统上开发无法在Windows系统上运行。所以尽管我们日常使用的Windows更符合我们的操作习惯也有一些生信软件可以使用但为了更加自由、全面的进行我们的分析任务我们还是需要尽可能选择Linux的分析环境。2、Linux系统的版本Linux与Windows不同的是其含有种类非常多的发行版每个发行版在使用上都有或多或少的区别。但我们生信领域比较容易接触到的仅有两个也是我们建议使用的两个发行版为Ubuntu和CentOS。UbuntuUbuntu是目前使用量最大的Linux系统其特点是使用简单具有和Windows极为相似的桌面展示。Ubuntu的更新速度较快但我们平时还是最常使用20.04、22.04、24.04这三个版本。CentOSCentOS是最稳定的发行版之一虽然其架构较老但其出色的系统稳定性也深受欢迎。一般企业服务器等需要长期运行的服务器会选择搭载CentOS。在生信领域中我们更建议使用Ubuntu搭建您的分析环境后续的文章中我们都在Ubuntu的基础上进行介绍如果您的系统不是Ubuntu在安装软件时可能会涉及到命令错误需要更换为系统对应的安装方式。如何查看系统如果您手头已经有了一个服务器但不知道系统版本是什么可以运行如下命令cat /etc/os-release3、系统安装在Windows中安装首先需要保证您的电脑打开了Linux子系统的功能系统搜索框(一般在任务栏左下角或开始菜单中)搜索【Windows功能】点击启用或关闭Windows功能确保其中的Linux子系统选项是打开的。然后在开始菜单中找到Microsoft Store在里面搜索Ubuntu然后选择版本安装。安装好后可以查看以下文件夹为文件存放路径在其中存放文件后在ubuntu系统中可以找到反之也可以从这个路径查看ubuntu生成的文件。C:\Users\14050\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu20.04LTS_79rhkp1fndgsc\LocalState\rootfs\home注意C:\Users\14050\AppData\Local\Packages\后的路径不会完全一致大同小异作为主系统安装首先需要准备一个大于8GB的U盘后续制作启动盘会用到。在清华源中下载iso系统文件然后下载rufus启动盘制作工具。运行 rufus选择你的U盘和ubuntu系统文件开始制作启动盘。制作成功后将启动盘插入需要安装ubuntu的电脑/服务器更改BIOS为U盘启动(不同电脑的BIOS不同根据自己电脑型号查找BIOS设置方式)。进入Ubuntu安装步骤后按引导安装即可。4、认识Linux的终端界面安装好Linux后首先要打开终端界面Windows首先在开始菜单中找到Ubuntu程序点击运行即可进入终端。LinuxUbuntu系统中可以通过右键桌面点击在终端中打开进入终端。终端界面第一次进入时会弹出系统信息最后一行为命令行输入位置。用户名设备名:~$如果是root用户最后一行则为root设备名:~#输入命令文字后按下回车即可使用命令5、Linux路径问题第一次使用Linux系统一定要明确路径问题路径分为绝对路径和相对路径。绝对路径从根目录/开始的完整路径无论当前在哪个目录下绝对路径都能唯一确定文件或目录的位置。相对路径相对于当前工作目录的路径不是以根目录开头而是以当前目录为起点。打个比方绝对路径就像邮寄地址国家、省、市、街道、门牌号例如中国xx省xx市xx街道号相对路径就像指路从你现在的位置出发例如往前走100米左转。实际例子假设有文件test.txt的绝对路径为/home/huibai1/results/test.txt其相对路径取决于用户的当前工作目录当用户位于/home/huibai1目录时相对路径为results/test.txt或为./results/test.txt./表示当前目录当用户位于/home/huibai1/results/目录时相对路径为test.txt或为./test.txt6、Linux常用命令以下所有文件和目录前都可加上路径查看当前路径文件ls ls -a #可查看隐藏文件 ls 路径 #可查看其他路径切换路径cd 路径 cd ~ #将用户转到用户路径即初始路径创建一个叫目录名的目录目录名中如果不带路径就是在当前路径创建。mkdir 目录名查看文件less 文件名查看并编辑文件进入后按i开启编辑模式编辑后按ESC输入:wq保存退出:q!不保存退出vim 文件名显示当前路径pwd复制文件,将文件1复制为文件2cp 文件1 文件2 cp -r 目录1 目录2移动文件或目录,将文件1移动为文件2(可用于改名)mv 文件1 文件2删除文件rm 文件名 rm -rf 目录名安装软件包apt-get install 软件包名7、Linux常用快捷键HOME:光标移动到行首END光标移动到行尾退格键向前删除DEL向后删除CtrlC终止命令(windows)在鼠标框选了文本时为复制CtrlD退出ShiftCtrlC:复制CtrlINS复制ShiftCtrlV:粘贴ShiftINS:粘贴鼠标右键:粘贴8、ranger目录预览工具ranger是一个在终端中使用的文件管理器较为方便的是这个工具可以仅使用方向键或者鼠标点击完成多级目录和文件的预览并且色彩较为丰富提高了可读性sudo apt-get install ranger #工具安装 ranger #运行程序Conda简介1、Conda的作用生信分析需要使用大量的软件因为软件较多安装时难免会有互相冲突所以分析会在Conda的基础上进行。Conda 是一个开源的包管理系统和环境管理系统专门为科学计算和数据科学领域设计。上它不仅能管理 Python 包还能管理任何语言的软件包及其依赖关系。安装conda主要为了解决以下问题(1)环境冲突比如你的电脑中安装了python2.7可以兼容依赖python2.7运行的软件但无法安装和运行依赖python3.9运行的软件。这时候需要conda划分独立的python3.9和python2.7环境分别安装各自支持的软件。(2)切换版本如果你希望系统中同时保留一个软件的两个版本就可以将这两个版本分别安装在两个conda环境中。2、Conda安装Conda有两个版本Anaconda一个包含大量科学计算包的发行版预装了很多包适合初学者。Miniconda一个轻量级的发行版只包含Conda、Python和少量必要包用户可以根据需要安装其他包。一般我们下载Miniconda安装即可。安装方法进入linux系统后输入以下命令下载Miniconda安装程序wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shwget是系统自带的下载程序空格后加下载链接。下载后会得到最新版Miniconda安装程序Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh。然后使用以下命令安装bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh启用安装后需要按回车阅读许可协议输入 yes 同意条款。设置安装路径默认即可直接回车。安装完成后输入yes初始化 Conda。安装好后左下角会出现(base)字样如果没有可以输入以下命令加载condasource ~/.bashrc3、conda添加国内源conda默认使用国外下载链接下载速度可能会比较慢建议切换为国内源conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --set show_channel_urls yes4、conda常用命令创建环境conda create -n 环境名 conda create -n 环境名 软件名 #创建带有某软件的环境加载环境conda activate 环境名退出环境conda deactivate安装软件包conda install 软件名 conda install 软件名版本号 #指定安装某版本软件包列出已有环境conda env list删除环境conda remove -n 环境名 --all5、conda软件包资源站推荐一个非常实用的conda软件包网站https://anaconda.org/https://anaconda.org/在网站可以搜到想安装的软件名及对应安装命令如遇软件安装失败可以尝试新建环境安装。6、Conda应用实例conda create -n micro #创建名为micro的环境 conda activate micro #进入micro环境 conda install fastp -c bioconda #指定bioconda源安装fastp conda install fastqc -c bioconda #指定bioconda源安装fastqc fastp -w 10 -i sequeues_R1.fq.gz -o sequeues.clean_1.fastq -I sequeues_R2.fq.gz -O sequeues.clean_2.fastq #使用fastp对原始数据进行过滤获得cleandata,10线程 fastqc -t 10 -o fastqc_result sequeues.clean_1.fastq sequeues.clean_2.fastq #使用fastqc对cleandata进行统计生成质控报告,10线程 conda create -n spades spades #创建名为spades的环境并自动安装spades软件包 conda activate spades #进入spades环境 spades.py -t 16 -1 sequeues.clean_1.fastq -2 sequeues.clean_2.fastq -o spades #使用spades对cleandata进行拼接,16线程病原微生物分析系统